与其他方法相比，Morris水迷宫在判定啮齿类动物认知功能中具有很多优点：
（1）它不需要实验前训练阶段，而且可以在短时间内完成相对大量的动物。
（2）由于对年龄相关性空间记忆损害有可靠的敏感性，Morris水迷宫是判断老年鼠空间学习记忆能力的特别有用的工具。通过探测和转移位置实验的训练，学习和回忆过程可以被记录分析，也可以在各组之间比较。
（3）虽然对于鼠类来说浸入水中是令其厌恶的，驱动动物逃避的是水刺激，而不需要食物剥夺和电击，因此，避免了剥夺食物给实验动物带来的新陈代谢和电击休克方面的问题，而这方面问题对某些品系的动物来说可能是危险的。
（4）气味或痕迹等干扰可以被去除。
（5）将实验动物的学习记忆障碍和感觉、运动缺陷等分离开来，减少它们对学习记忆过程检测的干扰。可见站台实验，可以识别可能影响实验结果的动物视觉缺陷，修正标准Morris水迷宫实验中得到的结果。
（6）通过改变站台的位置，可以完成学习和再学习实验，相应的，在同组动物中也可以测量不同用药量的效果。
（7）既可以检测空间参考记忆又可以检测空间工作记忆。在用固定平台测试小鼠的空间参考记忆后再将平台的位置改为不固定，就可检测它们的工作记忆能力
（8）通过使用窗帘、划分区域等，可以减少实验人员和实验以外的物体对视频跟踪系统记录的干扰。
（9）能提供较多的实验参数，系统**地考察实验动物空间认知加工的过程，客观地反映其认知水平，显然，寻找不固定平台的认知过程要复杂一些，需要动物对时间和空间上的分离信息加以整合和判断。
（10）操作简便，数据误差较小。 1、Morris水迷宫实验在神经退行性**如阿尔茨海默症（AD）和帕金森症（PD）以及血管性痴呆（VD）等的研究方面是非常有效的：这些**的*大特征是认知功能的减退。经典的Morris水迷宫所检测的是大鼠在多次的训练中，学会寻找固定位置的隐蔽平台，形成稳定的空间位置认知，这种空间认知是加工空间信息（外部线索）形成的。而平台的位置与大鼠自身所处的位置和状态关系不大，是一种以异我为参照点的参考认知，所形成的记忆是一种空间参考记忆。从信息的加工和提取方式来看，这种空间参考记忆进入意识系统，其储存的机制主要涉及边缘系统（如海马）以及大脑皮层有关脑区，常伴有Hebb突触修饰，应该属于陈述性记忆。而临床健忘和痴呆的病人，正是陈述性记忆首先受损而且比较突出。因此，Morris水迷宫实验优选适用的范围是以海马损伤表现的认知功能衰退的记忆缺损。
2、神经性毒害或者****的筛选实验：在神经药理学和神经毒理学实验中，某些**对神经元或者海马等脑区有哪些毒害或者**的作用，可以用Morris水迷宫试验检测其对学习记忆能力的影响。如一些抗胆碱能**（如一些新的**剂）不仅抑制动物在Morris水迷宫实验中的表现，而且在人类中也可以削弱记忆；一些拟胆碱能**（尤其是中药里面提取的新成分）不仅可以提高动物在Morris水迷宫实验中游泳的成绩，而且可以提高人类的学习认知能力。
3、脑皮层功能衰退或意外伤害引起的工作学习记忆方面损害的实验：Morris水迷宫实验除了可以做隐蔽站台实验和探索实验外，还可用于工作记忆的研究。比如*简单的程序是每只大鼠每天训练两次。**次训练时,平台置于水池的任何一个象限中,并隐藏在水面下,大鼠通过游泳找到平台,并且停留30～60 s。在**次训练中,平台隐藏于与**次训练相同的位置,同样要求大鼠通过游泳找到平台。如果大鼠能从**次的训练中获得经验(工作记忆),那么,**次训练的成绩就会提高。比较两次实验的成绩,就可以评价工作记忆的好坏。虽然在同**的测试中,平台的位置是相同的,但是不同天的测试中,平台的位置是随机的,以保证每**平台的位置都是新的,不同于前**平台的位置。像日常生活中的脑萎缩引起的健忘，以及车祸等意外伤害到脑皮层引起的工作学习记忆的损伤。
4、用来确定**或其他实验处理是否导致动物视力改变：Morris水迷宫实验还可以通过可见站台试验来检测**对动物的视力是否有影响，这些视力改变会混淆动物基于远端可见信息定位所得到数据的分析。有一点需要注意的是，某些特定的行为可能表示视力受损，比如没有搜索行为或持续沿水池周边游泳可能被认为是视力受损，因为动物在一段时间内并没有定位平台。因此动物必须试图穿越水池而且不能准确定位站台。
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